生物化学実験法演習 2015 レポート課題

課題は�@Excel/VBA, �AImageJ, �B自由課題の3種類があります。�@と�Aは必須、�Bはオプションです。

提出期限 : 2015/5/31(日)

提出先 : ytoyo_at_bs.s.u-tokyo.ac.jp および iino_at_bs.s.u-tokyo.ac.jp

l _at_を@に変更したうえで、両方のメールアドレスへ送ってください。

l メールの件名は「生物化学実験法演習2015レポート課題」としてください。

l ファイルサイズが大きい場合は、FireStorage (http://firestorage.jp/)などのオンラインストレージサービスを利用してください。

l 課題実行中の質問や演習に関する質問もこちらにどうぞ。

�@ Excel / VBA課題
Largeデータ (cell_cycle_microarray5'.xls) について、CLN2遺伝子(6364行目)を基準として、発現パターンが似ている順に並び替え、類似度の高い上位10遺伝子の名前を報告してください。加えて、前項の上位10遺伝子の中から1つを選び、CLN2との関連について考察してください。遺伝子の働きや役割については、HYPERLINK関数でリンクするときに使ったデータベースを参照したり、教科書を調べてみてください。

�A ImageJ 課題
以下の2つのどちらかを選択して提出してください。

�A.A AmNaive.tif の一枚ずつの画像を「4) 粒子計測」のように処理して、プレートの左半分にいる線虫の割合をグラフにし、マクロとともに提出してください。

l ある程度の数え落としやゴミの混入は致し方ないので、多少の誤差があっても構いません。

l 手作業でできる部分は手作業で処理して下さい。

l 光ムラの補正は無理に行わなくて結構です。

l 手動でThreshold を設定した場合、そのままでは「マクロの自動記録」で記録されません。記録させたければ、Threshold ウィンドウでSet をクリックし、次にOK を行って下さい。

l Analyze>Set Measurements で"Stack position"にチェックを入れておくと、Results ウィンドウにスライス番号（何枚目の画像か）が書き込まれます。全画像について、Results ウィンドウに結果を書かせた上で、csv やxls フォーマットで保存して、あとはExcel のVBA で処理するのがいいと思います。

�A.B 「9) プレゼン用の動画の作成」の<演習>を実施し、マクロとムービーを提出してください。

l 画像を複製してスタック画像を作るには、まずCtrl+Cで元画像をコピーしておきます。Image>Stacks>Add Sliceで新しい画像をスタックに追加し、Ctrl+Vでペースト、という動作を繰り返します。

l 9-2 から 9-5までの操作を「マクロの自動記録」で記録します。記録された操作内容を修正し、移動する位置と回転角度を少しずつ変えながら各スライスに順次実行していくマクロを書きます。

l 角度を徐々に変えて回転させるためには、まず上記Rotate コマンドを適当な角度を指定して実施し、これを自動記録してみます。その結果得られるMacro コードの中に、"angle=..............." という文字列がありますので、この中の角度のところだけを置き換えた文字列を作って同じ場所に記入して下さい。文字列の連結は+で行えます。

l AVI で保存するときは、File>Save as>AVI

�B 自由課題
演習の中で飛ばした部分などについて、VBAマクロやImageJマクロで実施したことがあったら、作品を提出してください。また、演習授業の中で、ここがわからなかった、ここをもっと聞きたかった、こういう内容はなくてもいい、ここをこうしたらいい、といった感想があったら自由に書いてください｡