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(Last Update September 19, 2013) PLASMID SEARCH
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はじめに
 
 
 
  はじめに
文部科学省新学術領域研究 包括型脳科学研究推進支援ネットワーク 総括支援活動
「行動解析融合型プラットホーム支援活動」ハイスループットモデル動物・線虫

  本プロジェクトの目的
本データベースの特徴
プラスミドのリクエストの方法
情報のフィードバックの義務
事業主体
【お知らせ】（2019/3/18）
 サーバー以降に伴い、データベース機能が使用できなくなりました。 大変申し訳ございませんが、今後は電子メールにての情報提供とさせて頂きます。 プラスミドコレクションの情報をご希望の方は、hokatsu-nou@kyushu-u.org までご連絡下さい。折り返し一覧ファイルをお送りさせて頂きます。
本プロジェクトの目的
  「行動解析融合型プラットホーム支援活動」ではショウジョウバエや線虫のモデル動物としての利点を生かし、ヒト神経疾患や行動学習の基盤を解明する研究をはじめとして、多くの研究活動を支援します。

本活動はその一環として、神経活動の可視化や操作を可能にする多種多様なプローブの有効性を線虫C.エレガンスを用いて検証します。次々と開発され、高い汎用性が期待されるプローブについて、生体内で多種類の神経細胞を対象としてその有効性を検討します。さらに、多くの研究者がこれらのプローブを線虫で用いることができるよう、プロモーターやプローブをデータベース化し、データベースに登録されているプラスミドをリクエストに応じて提供致します。
本データベースの特徴
  本データベースに登録されているプラスミドの多く（すべてではありません）はGateway®テクノロジーを基盤として構築されています。これらのプラスミドは部位特異的組換えのための (attL1, attL2), (attR1, attR2), (attB1, attB2)のいずれかの組換えサイトの組み合わせを持ちますので、BPクロナーゼまたはLRクロナーゼにより部位特異的組換えを起こすことにより、任意のプロモーターとプローブ等を接続することができます。Gatewayの一般的な説明についてはライフテクノロジーズ Gateway Webサイトをご参照ください。
  • 特定の組織、細胞に遺伝子発現を誘導するためのプロモーターがpENTRベクター（エントリーベクター）上に構築されています。
  • 発現させるプローブ等の遺伝子のORFはpDESTベクター（デスティネーションベクター）上に構築します。ただし、現在ライセンスの関係上、プローブについては準備中です。配布できるようになりましたら、お知らせ致します。
  • pENTRとpDESTの間でLP反応を起こすことによりプロモーターとプローブ等が接続されたプラスミド（pGプラスミド、エクスプレッションベクター）が構築されます。
  • この逆反応も起こすことができます。
  • 本支援活動においては線虫用のプラスミドを送付しますが、プラスミドを導入した線虫は配布しておりません。線虫へのプラスミド導入は容易に行える一方、得られる多くの導入株を調べて使用目的に応じた株を選択することが一般的なため、すべての導入株を保存して送付することが能率的ではないためです。ただし、経験的には、用いるプローブやその発現細胞によっては、プローブが非常に発現しにくい場合があります。
  • 当プロジェクトにおいて配布するプラスミドの塩基配列のほとんどはApeファイル形式で公開しています。Apeファイルは、通常のテキストエディタにより開き、情報を確認することができますが、下記サイトで配布されているソフト「ApE」を使用することをお勧めします。
    ApEはJorgensen研究室のWayne Davis博士が作製した多機能な塩基配列エディタで同研究室の以下のサイトから無償でダウンロードすることができます。
プラスミドのリクエストの方法
  • ライセンスの関係上、日本国内の大学などのアカデミックな研究機関に所属する研究者だけを対象とします。
  • 本データベースに登録されているプラスミドの送付を希望する研究者は、希望するプラスミドの管理番号とプラスミド名を列記し、以下の送付先までメールにてご依頼下さい。メールの件名は「包括脳支援プラスミド請求」として下さい。
    E-mail: hokatsu-nou@kyushu-u.org

  • メール送付と同時に、MTA(MATERIAL TRANSFER AGREEMENT)を以下の宛先まで郵送してください。スキャンしたファイルを添付ファイルとして送付した上で、別便にて原本を郵送して頂いても構いません。MTAの受領を確認後、プラスミドを送付します。
     
    〒812-8581
    福岡市東区箱崎6-10-1
    九州大学大学院 理学研究院
    生物科学部門 分子遺伝学研究室
    包括脳支援担当者 宛
  • MTAには、プラスミドに搭載された遺伝子の作成者（知的財産権所持者）の違いによっていくつかの種類があります。プラスミド検索画面で「リクエスト」ボタンをクリックすることにより、「買い物かご」の要領で、クリックしたプラスミドのリストと対応するMTAのリストが作成されます。MTAのうち、「pENTR用」は、リクエストするプラスミドのリストが記入されたMTAが自動的に作成されますので、これに必要事項を追記して九州大学に送付して頂くだけで結構です。他のMTAについては、必要事項を記入の上、リソースを作成した研究機関に送付して承認を得たのちに、承認サインを受けたMTAのコピーを九州大学に送付して頂く必要があります。送付先等の詳細は各プラスミドのページに記載されていますので、よく確認の上手続きをお進め下さい。

  • 本活動の予算の性格上、プラスミドの用途は学術的目的に限定します。学術研究目的である限りにおいては使途の詳細についてご申告頂く必要はありません。
    ＜注意＞受け取ったプラスミドを大腸菌に導入する際には、宿主菌と選択薬剤が正しくないとコロニーが得られません。これらの情報についてはデータベースを参照し、間違いのないようお気をつけ下さい。再度の送付はお断りします。
情報のフィードバックの義務
  本支援活動は研究分野全体の活性化のために行っており、そのための情報交換の場として本データベースを位置付けています。プラスミドの送付を受け、それを使用した研究者は情報をフィードバックする義務があります。プロモーターの発現部位、蛋白の発現パターン、発現量などさまざまな観点から、使った感触や問題点、気づいた点などをデータベースの各プラスミドページの「フィードバック情報」欄を用いて記入して下さい。
事業主体
九州大学大学院理学研究院 教授 石原 健
東京大学大学院理学系研究科 教授 飯野雄一
（いずれも新学術領域研究「包括型脳科学研究推進支援ネットワーク」研究分担者）